ABUELITO DILE ADIÓS A LA DEPRESIÓN ¡JUEGA CON TU NIETO!

Los abuelos que tienen una estrecha relación con sus nietos suelen padecer menos depresiones, según ha mostrado un estudio liderado por la profesora asistente en el Departamento de Sociología y del Instituto sobre el Envejecimiento de la Universidad de Boston, Sara M. Moorman

TRADICIÓN ORIENTAL PARA PREDECIR EL SEXO DEL BEBÉ

La tabla china para predecir el sexo del bebé es uno de los sistemas más conocidos saber si esperas niño o niña. La predicción del sexo del bebé se realiza en China desde hace muchos años.

TU BEBE CON PAPERAS ¿QUE HACER?

Esta es una inflamación dolorosa de las glándulas salivales, que puede extenderse a otras glándulas del cuerpo. Las paperas afectan principalmente a niños y adolescentes, y es más grave en los pacientes que han pasado la pubertad.

¿SERÁ POSIBLE "LOS PASAPORTES DE INMUNIDAD" POR EL COVID-19?

Algunos gobiernos han sugerido que la detección de anticuerpos contra el SARS-CoV-2, el virus que causa COVID-19, podría servir como base para un "pasaporte de inmunidad" o "certificado libre de riesgos" que permitiría a las personas viajar o volver a trabajar

BASTA DE GANAR DINERO EN SUPLEMENTOS DE VITAMINAS Y MINERALES

Más de la mitad de los adultos en toman algún tipo de multivitamínico; muchos lo hacen con la esperanza de evitar enfermedades cardíacas, cáncer o incluso para mejorar su memoria. Pero un editorial publicado en los Anales de Medicina Interna dice que usar suplementos y multivitamínicos para prevenir enfermedades es una pérdida de dinero.

martes

ENSAYOS CLÍNICOS: TIPOS, FASES Y COMO SE LLEVAN A CABO.

La pandemia por coronavirus resalta la importancia de los ensayos clínicos, estudios con humanos en los que se comprueba la seguridad y eficacia de nuevos medicamentos, o posibles nuevos usos de los ya aprobados.

Un ensayo clínico es una investigación científica cuyo objetivo es conocer mejor el funcionamiento de un medicamento, vacuna, técnica diagnóstica o procedimiento terapéutico para comprobar si es eficaz y seguro en humanos y comparar su acción con lo empleado hasta ese momento en la práctica clínica. Se trata pues de un procedimiento vital en la investigación médica y farmacéutica por el que todo tratamiento debe pasar antes de llegar a ser comercializado y empleado en pacientes.

"Se puede decir que se trata de un experimento realizado en humanos”, nos explica Antonio Portolés, director del Instituto de investigación del Hospital Clínico San Carlos, que añade que “los ensayos clínicos son una herramienta indispensable para la evaluación de la eficacia y seguridad de los nuevos fármacos, aunque se pueden utilizar en muchas otras situaciones: bien para evaluar procedimientos, o bien para evaluar medicamentos que ya estuvieran comercializados y de los cuales se puedan seguir explorando nuevas indicaciones, nuevas formas de uso, etcétera”.

"Un ensayo clínico es un experimento en humanos indispensable para evaluar la eficacia y seguridad de nuevos fármacos"

Los productos o procedimientos terapéuticos que se van a probar con personas siempre pasan previamente por una fase preclínica en la que se llevan a cabo estudios de laboratorio y en animales que permiten identificar las pautas de administración y las dosis que resultan seguras para los seres humanos.

Además, antes de iniciar un ensayo clínico con un fármaco este debe haber sido autorizado por las autoridades sanitarias competentes para ello. 

El 20 de mayo se conmemora el Día Internacional del Ensayo Clínico, para recordar la fecha en la que, en 1747, el médico escocés James Lind sentó las bases para la investigación clínica al comenzar, en el buque Salisbury, el primer ensayo clínico de la historia, en el que descubrió cómo curar el escorbuto de sus tripulantes con la aplicación de vitamina C.

Tipos de ensayos clínicos

Existen diferentes tipos de ensayos clínicos, ya que se pueden clasificar en función de sus objetivos, además de por su método, tamaño o extensión, entre otros factores. Los más frecuentes son:

° Ensayos clínicos de diagnóstico: destinados a encontrar nuevas pruebas médicas que sirvan para diagnosticar una enfermedad.

° Ensayos clínicos de tratamiento: que investigan nuevos procedimientos terapéuticos, como medicamentos, vacunas o técnicas de cirugía, que ayuden a curar una enfermedad.

° Ensayos clínicos de detección: que evalúan nuevos métodos para diagnosticar precozmente una enfermedad.

° Ensayos clínicos preventivos: que estudian nuevas herramientas para reducir las probabilidades de desarrollar una enfermedad, y en los que participan individuos sanos pero que tengan factores de riesgo para llegar a padecerla, como ocurre por ejemplo en el caso de las personas con familiares de primer grado con alzhéimer o ciertos tipos de cáncer.

° Ensayos de calidad de vida: cuyo objetivo es diseñar estrategias que contribuyan a mejorar la calidad de vida de las personas con enfermedades crónicas.

Fases de un ensayo clínico

Los ensayos clínicos también se pueden clasificar “en función del nivel de desarrollo de la investigación de un medicamento”, indica Antonio Portolés, y de acuerdo a este criterio se dividen en cuatro fases –de la fase I a la IV– que permitirán comprobar si el tratamiento provoca efectos secundarios, si es efectivo, si los beneficios que proporciona son mayores que sus posibles riesgos o cuáles son los pacientes que se beneficiarían más de su uso. Te explicamos en qué consiste cada una de las fases de un ensayo clínico:

  • Ensayos clínicos: fase 1

    Ensayo clínico de Fase I

    En esta primera etapa se comprueba la seguridad de un fármaco. “Son aquellos que se administran por primera vez en humanos y también todos aquellos ensayos clínicos que no tienen un objetivo terapéutico implícito, sino que están destinados a buscar la contestación a respuestas básicas sobre el funcionamiento de un medicamento –interacciones, farmacocinética (forma en la que nuestro organismo procesa un fármaco), absorción, o cualquier otra característica que no está directamente relacionada con la terapéutica–”, explica el director del Instituto de investigación del Hospital Clínico San Carlos.

    El experto añade que, de hecho, “estos ensayos se suelen hacer en voluntarios sanos”, por lo general desde unas decenas a menos de un centenar. Sirven para analizar la tolerancia del producto, la dosis y forma más adecuada de administrarlo y cómo actúa en el organismo humano, entre otros aspectos, para lo cual se prueba primero en cantidades reducidas.

  • Ensayos clínicos: fase 2

    Ensayo clínico de Fase II

    En esta etapa de investigación el objetivo del ensayo es contestar la pregunta sobre si el tratamiento evaluado es eficaz o no, y se ponen las bases para valorar en qué dosis es óptima su aplicación. Para ello, esto ya es necesario estudiarlo con pacientes, diseñando el estudio de una manera adecuada y proporcionada a lo que se conozca sobre el medicamento, indica Portolés.

    En esta fase participa un número reducido de pacientes –normalmente entre 100 y 300, en ocasiones algo más–, y suele durar más que la fase anterior. Por lo general, estos suelen dividirse en dos grupos que se comparan entre sí. Al primero de ellos, conocido como grupo de control, se le administran los fármacos o terapia de elección hasta la fecha para la patología o dolencia para la que se está realizando el ensayo, o bien placebo; mientras que al segundo se le administra la terapia o fármacos en estudio.

  • Ensayos clínicos: fase 3

    Ensayo clínico de Fase III

    En la fase III se confirma la eficacia, beneficios y seguridad del fármaco, se definen mejor sus posibles efectos adversos y se compara con otros medicamentos que ya se utilizan. Las pruebas se hacen con un mayor número de médicos y de pacientes –que pueden ser varios cientos o miles–.

    Si sus resultados son positivos y están suficientemente contrastados el fármaco ya podría obtener la autorización de las agencias reguladoras de medicamentos para comercializarse con indicaciones específicas.

  • Ensayos clínicos: fase 4

    Ensayo clínico de Fase IV

    También conocidos como estudios de seguimiento o estudios de farmacovigilancia, porque en estos ensayos clínicos se analizan los efectos a largo plazo de un medicamento en la práctica clínica, es decir, aquellos que se produzcan tras su comercialización. Estos estudios son muy útiles para determinar la eficacia del tratamiento en la vida real pacientes con diferentes características, conocer potenciales efectos adversos no sospechados previamente que aparezcan con su uso generalizado, o incluso identificar nuevos beneficios o aplicaciones de la terapia que no se hubieran detectado durante su evaluación previa.


VENTAJAS DE PARTICIPAR EN UN ENSAYO CLÍNICO 

0En principio, “para un paciente participar en un ensayo clínico no debería suponer un inconveniente”, afirma Portolés. El paciente, además, recibirá toda la información necesaria antes de su comienzo y puede retirarse del estudio en cualquier momento si lo desea. Un requisito básico es el de la disponibilidad del paciente en un lugar y tiempo determinados. Normalmente será su médico quien se lo proponga cuando haya comprobado que tiene ciertas condiciones que lo hacen candidato a participar en esa investigación, pero existe un registro de ensayos clínicos en el que se puede comprobar cuáles son los que se están llevando a cabo en cada país.


La bondad en cuanto a beneficio-riesgo de un ensayo clínico es un criterio revisado por un comité ético, que comprueba que un paciente no resulte perjudicado por el hecho de participar en un ensayo clínico; es decir, que las condiciones en las cuales se le ofrece una alternativa de tratamiento u otra sean las adecuadas al nivel de conocimiento sobre esas alternativas en relación a su patología. De manera que no sufrirá una pérdida por el hecho de que le corresponda un tratamiento u otro.

Las principales ventajas de participar en un ensayo clínico son pues:

  • Beneficios terapéuticos a corto o largo plazo: da al paciente la oportunidad de formar parte de un proyecto que pretende “dar respuesta a una pregunta que le puede afectar a él personalmente como paciente, o al colectivo de pacientes con su misma patología o condición, y es posible que la terapia evaluada le pueda beneficiar a corto plazo, o que constituya un beneficio diferido”, señala el experto.
  • Nueva opción de tratamiento cuando no existen otros disponibles: en determinadas ocasiones en las que hay muy pocas o ninguna alternativa terapéutica para la enfermedad que padece una persona el hecho de participar en un ensayo clínico puede ser la esperanza de recibir un tratamiento del cual cabe esperar un resultado favorable, aunque su eficacia no se haya confirmado todavía.
  • Mejora del tratamiento instaurado: incluso después de comercializar un medicamento puede que se sigan realizando ensayos clínicos con él porque siga habiendo preguntas que contestar, nuevas alternativas con las que compararse, o detalles que hayan quedado pendientes de contestación. Se puede descubrir que su eficacia es mayor en combinación con otro, o en diferente dosis o vía de administración, etcétera.
  • Mayor control de su enfermedad: la realización de un mayor número de pruebas aporta al paciente mayor tranquilidad por la monitorización constante a la que es sometido.
  • Contribuir a la investigación médica: sin pacientes es imposible avanzar en muchas áreas de la salud, al tiempo que se puede ayudar a otros pacientes en un futuro a beneficiarse del conocimiento sobre distintas variables alcanzado a lo largo del ensayo.

Inconvenientes de participar en un ensayo clínico

Todo medicamento debe tener una relación favorable entre el beneficio terapéutico que ofrezca y el riesgo que suponga su utilización, y por ello los medicamentos han de utilizarse en condiciones que hayan demostrado evidencia de resultar favorables, y no puedan por tanto perjudicar al paciente, aunque para este la participación en un ensayo clínico pueda suponer, en algunos casos, ciertas desventajas como:

  • Requiere una mayor dedicación: puede suponer invertir más tiempo o tener alguna incomodidad extra, en el sentido de tener que acudir a alguna visita más, o someterse a alguna prueba extraordinaria o algún análisis de más sobre lo que fuera una práctica habitual en el seguimiento de su enfermedad.
  • Posibles efectos secundarios: ningún medicamento está exento también de algunas molestias o efectos colaterales, y por lo tanto cuando se encuentra en fase de investigación es importante contestar a esas preguntas, lo cuál podría repercutir en el participante del ensayo.

Por qué son tan importantes los ensayos clínicos

Este tipo de estudios son imprescindibles para utilizar de manera coherente los recursos sanitarios y mejorar los resultados de los medicamentos. Según nos explica Portolés la asistencia sanitaria necesita conocer su nivel de calidad y cómo mejorarlo, así, en la pandemia por coronavirus que estamos viviendo se pone de manifiesto la importancia de generar conocimiento a gran velocidad y de gran calidad para poder atajar lo que se ha convertido en una crisis sanitaria y humanitaria.


El especialista del Hospital Clínico San Carlos, donde se encuentra la unidad de coordinación de la plataforma de apoyo a los ensayos clínicos SCREEN (presente en 30 centros a nivel nacional y que cuenta con financiación del instituto de salud Carlos III) destaca el papel que tiene la investigación en la generación de información que permita tomar decisiones acertadas en situaciones de crisis, y la necesidad de que exista una estructura de investigación dentro de los sistemas de salud para dar respuesta a la mejor manera de tratar a los pacientes.

Ensayos clínicos con medicamentos para combatir el COVID-19

La situación de emergencia sanitaria provocada por la infección por SARS-CoV-2 demuestra la importancia de este tipo de estudios para luchar contra enfermedades potencialmente mortales y que se transmiten con facilidad. En un momento de crisis como la actual, indica Antonio Portolés, es necesario obtener la información con rapidez, por lo que no da tiempo a iniciar nuevos desarrollos de moléculas desde 0; se trata de acortar plazos a base de utilizar moléculas que en algunos casos ya están comercializadas, o que están en fase de investigación para otras indicaciones que se estima que pudieran tener alguna similitud con la COVID-19 y ya estén disponibles, o puedan estarlo en un periodo de tiempo mucho más breve.

El desarrollo de un medicamento nuevo, añade el experto, “podría llevar de 8 a 10 años, y no disponemos de ese tiempo”, pero se ha conseguido poner en marcha ensayos clínicos con moléculas ya autorizadas, fundamentalmente con moléculas que o bien tuvieran la indicación de antivirales frente a otros virus, o que tuvieran un mecanismo de acción conocido que pudiera afectar a la replicación o funcionamiento del virus en otros contextos, por ejemplo, que se hubieran ensayado frente al virus del Ébola, o en otras enfermedades por coronavirus anteriores, como el SARS o el MERS.

El desarrollo de un medicamento nuevo “podría llevar de 8 a 10 años”, por eso se han puesto en marcha ensayos clínicos con moléculas ya autorizadas para probar su eficacia contra el COVID-19

Otro grupo de fármacos para tratar la infección por coronavirus con el que se está experimentando, según Portolés, son los antiinflamatorios y aquellos que intentan modular o controlar la respuesta inmunitaria, especialmente en la fase en la que el predominio de la enfermedad es inflamatorio, pero también para averiguar el papel que podrían desempeñar en las personas más susceptibles al inicio de la infección, o incluso en la prevención de la enfermedad o de la menor gravedad de la misma. Y también se están ensayando otros productos, como el plasma hiperinmune de pacientes que ya hubieran pasado el COVID-19 para tratar de combatir los casos severos, atajando la reproducción del virus.

Escrita por: Eva Salabert, periodista experta en salud, vía WebConsultas

domingo

INTELIGENCIA ARTIFICIAL Y APRENDIZAJE AUTOMÁTICO PARA LA ASISTENCIA SANITARIA: EL FUTURO DE LA SALUD PÚBLICA.

Los sectores tradicionales de negocios y tecnología no son los únicos campos afectados por la IA. La asistencia sanitaria es un campo que se considera muy adecuado para las aplicaciones de herramientas y técnicas de IA.

Introducción

El siglo XXI tiene solo dos décadas y es seguro que una de las mayores tecnologías transformadoras y facilitadores para la sociedad humana de este siglo será la inteligencia artificial (IA). Es una idea bien establecida que la IA y los servicios y plataformas asociados están configurados para transformar la productividad global, los patrones de trabajo y los estilos de vida y crear una enorme riqueza.

Por ejemplo, McKinsey cree que generará una actividad económica global de alrededor de  $ 13 billones para 2030 . A corto plazo, la firma de investigación Gartner espera que la actividad económica global  basada en IA  aumente de aproximadamente $ 1.2 trillones en 2018 a aproximadamente  $ 3.9 Trillones para 2022 .

Estudio de Inteligencia Artificial Global de PwC: dimensionando el premio
 

No es ningún secreto que esta transformación está siendo, en gran medida, impulsada por las poderosas herramientas y técnicas de Machine Learning (ML) como Redes Convolucionales Profundas, Redes Adversarias Generativas (GAN), Modelos de árbol impulsado por gradiente (GBM), Aprendizaje de refuerzo profundo (DRL), etc.

Sin embargo, los sectores empresariales y tecnológicos tradicionales no son los únicos campos afectados por la IA. La asistencia sanitaria es un campo que se considera muy adecuado para las aplicaciones de herramientas y técnicas de IA .

Prácticas obligatorias como los  registros médicos electrónicos (EMR)  ya han preparado los sistemas de atención médica para la aplicación de herramientas de Big Data para el análisis de datos de próxima generación. Las herramientas AI / ML están destinadas a agregar más valor a este flujo. Se espera que mejoren la calidad de la automatización y la toma inteligente de decisiones en la atención primaria / terciaria de los pacientes y los sistemas de salud pública. Este podría ser el mayor impacto de las herramientas de inteligencia artificial, ya que potencialmente puede transformar la calidad de vida de miles de millones de personas en todo el mundo.

Ejemplos clave de la aplicación de ML en la asistencia sanitaria

Radiología y patología asistida por IA 

Fuente de la imagen:  Pixabay (Gratis para uso comercial)

En estos días, los datos de imágenes médicas almacenados electrónicamente son abundantes y los algoritmos DL se pueden alimentar con este tipo de conjunto de datos, para detectar y descubrir patrones y anomalías. Las máquinas y los algoritmos pueden interpretar los datos de imágenes de manera muy similar a como lo haría un radiólogo altamente capacitado: identificar puntos sospechosos en la piel, lesiones, tumores y hemorragias cerebrales. El uso de herramientas / plataformas AI / ML para ayudar a los radiólogos está, por lo tanto, preparado para expandirse exponencialmente.

Este enfoque resuelve un problema crítico en el ámbito de la atención médica porque, en todo el mundo, es difícil encontrar radiólogos bien capacitados. En la mayoría de las circunstancias, estos trabajadores calificados están bajo una enorme presión debido al diluvio de datos médicos digitales. Un radiólogo promedio, según  este artículo , necesita producir resultados de interpretación para una imagen cada 3-4 segundos para satisfacer la demanda. 

Inteligencia artificial en radiología.
 

La identificación de enfermedades raras o difíciles de diagnosticar a  menudo depende de la detección de los llamados 'casos límite'. Como este tipo de sistema de ML se basa en grandes conjuntos de datos que contienen imágenes en bruto (y diversas transformaciones) de estas enfermedades, a menudo son más confiables que los humanos para este tipo de detección.

Se espera que mejoren la calidad de la automatización y la toma inteligente de decisiones en la atención primaria / terciaria de los pacientes y los sistemas de salud pública. Este podría ser el mayor impacto de las herramientas de inteligencia artificial, ya que potencialmente puede transformar la calidad de vida de miles de millones de personas en todo el mundo.

Un excelente caso de prueba es  el Proyecto InnerEye de Microsoft,  que emplea métodos de ML para segmentar e identificar tumores utilizando imágenes radiológicas en 3D. Puede ayudar en la planificación precisa de la cirugía, la navegación y el contorno eficiente del tumor para la planificación de la radioterapia.

La resonancia magnética y otros sistemas de imágenes avanzados, cada vez más utilizados para la detección temprana del cáncer, están siendo equipados con algoritmos ML. El siguiente artículo proporciona una visión general completa a este respecto: 

El aprendizaje profundo y la IA mejoran la precisión de la detección del cáncer de mama
 

El siguiente artículo de Nature describe cómo se aplican las técnicas de ML para realizar análisis de imágenes avanzados, como la segmentación de próstata y la fusión de múltiples fuentes de datos de imágenes (p. Ej., Ultrasonografía, tomografía computarizada y resonancia magnética):

Una nueva era: inteligencia artificial y aprendizaje automático en cáncer de próstata
 

Las herramientas de ML también están agregando un valor significativo al  aumentar la visualización del cirujano  con información como la localización del cáncer durante los procedimientos robóticos y otras intervenciones guiadas por imágenes.

El uso de herramientas / plataformas AI / ML para ayudar a los radiólogos está, por lo tanto, preparado para expandirse exponencialmente.

 

ML y ciencia de datos para obtener información procesable

 

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Fuente de la imagen:  Pixabay (Gratis para uso comercial)

 En el mundo actual,  los datos médicos del tamaño de exabytes se están digitalizando  en varias instituciones de salud (hospitales públicos, hogares de ancianos, clínicas médicas, laboratorios de patología, etc.). Desafortunadamente, estos datos son a menudo  desordenados y desestructurados . A diferencia de los datos comerciales de tipo transaccional estándar, los datos del  paciente no son particularmente susceptibles de modelación estadística simple y análisis.

La  necesidad de la hora son plataformas robustas y ágiles habilitadas para IA, capaces de  conectarse a una multitud de bases de datos de pacientes y analizar una mezcla compleja de tipos de datos (por ejemplo, patología de la sangre, genómica, imágenes de radiología, historial médico). Además, estos sistemas deberían poder analizar los análisis de manera profunda y descubrir los patrones ocultos.

Además, deberían poder traducir y visualizar sus hallazgos a formas inteligibles para los  humanos  para que los médicos y otros profesionales de la salud puedan trabajar en su producción con alta confianza y total transparencia.

 Sistemas de inteligencia artificial y ML distribuidos: se ajustan muy bien a estas facturas y están preparados para cumplir con los requisitos de dichos sistemas en el futuro cercano.


Robots físicos para asistencia quirúrgica

 

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 Los robots quirúrgicos pueden proporcionar asistencia única a los cirujanos humanos,

  • mejorando la capacidad de ver y navegar en un procedimiento,
  • creando incisiones precisas y mínimamente invasivas.
  • causando menos dolor con una geometría de puntada y herida óptimas

Hay posibilidades realmente emocionantes para la aplicación de AI / ML para tales robots de cirugía digital.

  • Una  colaboración  de robots centrada en software con la ayuda de un procesamiento distribuido masivo 
  • Información basada en  datos y orientación  basada en los historiales quirúrgicos (realizados por máquinas y humanos) y sus resultados (favorables o no)
  • Espacio de realidad virtual generado por IA   para orientación y orientación en tiempo real
  • Posibilidad de  telemedicina y cirugía remota  para procedimientos relativamente simples.

El siguiente artículo resume las posibles aplicaciones de manera sucinta: 

Cómo los robots y la IA están creando al cirujano del siglo XXI
 

IA para la gestión de operaciones de atención médica y la experiencia del paciente

 En los Estados Unidos, el costo y la dificultad de recibir atención médica adecuada, por parte del público en general, han sido objeto de un largo y amargo debate.

La IA y las técnicas asociadas basadas en datos están especialmente preparadas para abordar algunos de los problemas, identificados como las causas principales: larga cola, miedo a facturas irrazonables, el proceso de citas excesivamente complejo y prolongado, sin acceso al profesional de la salud adecuado.

Esos mismos problemas han afectado a las empresas tradicionales durante muchas décadas y las técnicas de IA / ML ya son parte de la solución. Esto se debe a que las grandes bases de datos y los algoritmos de búsqueda inteligentes, que son un fuerte de los sistemas de inteligencia artificial, se destacan en tales problemas de optimización o coincidencia de patrones. Por lo tanto, las herramientas y técnicas avanzadas de IA / ML deben ser aprovechadas por los hospitales y las organizaciones de salud pública en sus aspectos operativos cotidianos. Vea el siguiente artículo sobre ese tema:

 11 Aplicaciones operativas para la IA de la salud: oliva
 

Lo bueno es que  la preocupación por la privacidad de los datos, que es un tema complejo y difícil para los sistemas de salud,  no representa un gran desafío para este tipo de aplicación de IA. Muy a menudo, un problema operativo no involucra datos confidenciales del paciente relacionados con enfermedades, diagnósticos o medicamentos, pero, al igual que cualquier otra empresa comercial moderna, consiste en datos relacionados con asuntos financieros, de capital, de marketing o de recursos humanos.

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 El objetivo central de tales sistemas debería ser hacer que las plataformas asistidas por IA apunten a  mejorar la experiencia de los servicios de atención médica para la sección más grande de personas comunes . El objetivo general de los sistemas ya implementados en las empresas tradicionales es maximizar las ganancias. Las potentes herramientas de IA para la gestión de operaciones de atención médica deben  distinguirse de los sistemas convencionales al combinar la empatía con el objetivo de la generación de ganancias. 

Descubrimiento de fármacos con la ayuda de técnicas de IA / ML 

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 Las técnicas de IA y ML son cada vez más elegidas por grandes nombres en la industria farmacéutica para resolver el problema infernalmente difícil del descubrimiento exitoso de medicamentos. Algunos ejemplos destacados, que involucran a Sanofi, Genentech, Pfizer, se extraen de  este artículo . Todos los tipos de dominios terapéuticos (enfermedades metabólicas, tratamientos contra el cáncer, medicamentos inmuno-oncológicos) están cubiertos en estos estudios de caso:

 Cómo la inteligencia artificial está cambiando el descubrimiento de drogas
 

Más allá del proceso convencional de larga distancia, las técnicas de IA se aplican cada vez más para acelerar los procesos fundamentales de la  selección de candidatos en etapa temprana  y el  descubrimiento de mecanismos .

Por ejemplo, la compañía de biotecnología Berg  utiliza su plataforma de IA  para analizar inmensas cantidades de datos biológicos y de resultados (perfiles de lípidos, metabolitos, enzimas y proteínas) de los pacientes para resaltar las diferencias clave entre las células enfermas y las sanas e identificar nuevos mecanismos de cáncer.

 Inteligencia artificial en Berg: ¿solo otra biotecnología o empresa que cambia la industria?
 

Otro ejemplo destacado a este respecto provino de la publicación de DeepMind de las posibles estructuras de proteínas asociadas con el virus COVID-19 ( SARS-CoV-2 ) utilizando su   sistema AlphaFold .

 Predicciones computacionales de estructuras proteicas asociadas con COVID-19
 

Muchas empresas de nueva creación también están trabajando en el uso de sistemas de inteligencia artificial para analizar datos multicanal (documentos de investigación, patentes, ensayos clínicos y registros de pacientes) utilizando las últimas técnicas en  inferencia bayesiana, modelos de cadena de Markov, aprendizaje de refuerzo y natural. procesamiento de lenguaje (PNL). Encontrar patrones y construir representaciones de alta dimensión, para ser almacenados en la nube y utilizados en el proceso de descubrimiento de fármacos, son los objetivos clave.
Aquí hay un artículo de revisión que muestra el uso de DL para el descubrimiento de fármacos:

 Revisión: Aprendizaje profundo en el descubrimiento de drogas
 

Las potentes herramientas de IA para la gestión de operaciones de atención médica deben  distinguirse de los sistemas convencionales al combinar la empatía con el objetivo de la generación de ganancias.

 

Hacia el futuro: medicina de precisión y atención médica preventiva

 Según la Biblioteca Nacional de Medicina de EE. UU., La  medicina de precisión  es “ un enfoque emergente para el tratamiento y la prevención de enfermedades que tiene en cuenta la variabilidad individual en los genes, el medio ambiente y el estilo de vida de cada persona. "

Mirando hacia el futuro, este podría ser uno de los beneficios más impactantes de la aplicación de AI / ML en la atención médica.

El objetivo aquí es extremadamente complejo y exigente: encontrar opciones de tratamiento precisas para un individuo en función de su historial médico personal, opciones de estilo de vida, datos genéticos y pruebas patológicas que cambian continuamente. Naturalmente, necesitamos traer las técnicas de IA más poderosas: redes neuronales profundas, algoritmos de búsqueda impulsados ​​por IA / aprendizaje de refuerzo avanzado, modelos gráficos probabilísticos, aprendizaje semi-supervisado, para enfrentar el desafío.

Más allá de la predicción y el modelado de la enfermedad y el tratamiento, un sistema de IA de este tipo también puede predecir potencialmente la probabilidad de futuros pacientes de tener enfermedades específicas si se les realiza un examen temprano o datos de exámenes físicos anuales de rutina. Además, las herramientas de IA podrían modelar por qué y en qué circunstancias es más probable que ocurran enfermedades y, por lo tanto, pueden ayudar a guiar y preparar a los médicos para intervenir (de manera personalizada) incluso antes de que un individuo comience a mostrar síntomas.

El objetivo aquí es extremadamente complejo y exigente: encontrar opciones de tratamiento precisas para un individuo en función de su historial médico personal, opciones de estilo de vida, datos genéticos y pruebas patológicas que cambian continuamente.

 
Cómo la inteligencia artificial está avanzando en la medicina de precisión
 

IA para sistemas de salud pública

Valga decir que tales técnicas poderosas se pueden aplicar a los sistemas de salud pública a gran escala junto con la atención individual del paciente. De hecho,  la vigilancia digital de pandemias  y el análisis de datos de salud asistidos por IA están listos para la expansión:

 La vigilancia digital puede ayudar a controlar la pandemia de coronavirus, pero también amenaza ...
 

La Organización Mundial de la Salud (OMS) también dice lo mismo ...

 Big data e inteligencia artificial
 

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La  crisis actual de COVID-19  ha demostrado lo importante que es ejecutar cientos de ensayos paralelos de desarrollo de  vacunas  y  proyectos de investigación terapéutica . Ingerir datos y reconocer patrones de todas estas fuentes dispares, a menudo produciendo resultados con un alto grado de incertidumbre, es casi imposible de lograr con técnicas estándar de modelado estadístico, que están optimizadas para ensayos a pequeña escala. Las técnicas de IA deben aplicarse para una resolución de problemas a escala planetaria:

 Posibles opciones terapéuticas en ensayos clínicos de COVID-19
 

Resumen

Se discutió una amplia variedad de aplicaciones emocionantes y de futuro de las técnicas y plataformas de AI / ML, en el espacio de la atención médica. Se revisaron temas que iban desde el asistente de radiología hasta la gestión inteligente de las operaciones de salud, desde la medicina personalizada hasta la vigilancia digital para la salud pública.

Los desafíos conocidos de la privacidad de los datos y los marcos legales seguirán siendo obstáculos para la implementación completa de estos sistemas. Puede ser extremadamente complejo determinar qué tipo de datos pueden ser vistos y utilizados legalmente por proveedores externos (por ejemplo, el propietario de las herramientas de IA y ML, dispositivos físicos o plataformas). En consecuencia, se necesita un esfuerzo de racionalización masiva de la formulación de políticas y leyes, en paralelo para abordar esos desafíos.

Como tecnólogos y profesionales de IA / ML, debemos luchar por un futuro brillante donde el poder de los algoritmos de IA beneficien a miles de millones de personas comunes para mejorar su salud y bienestar básicos.

Fuente: KDNUGGETS, Por  , ON Semiconductor.

viernes

Coronavirus en la Amazonía: el peligro de que el río Amazonas se convierta en la gran ruta de contagio del covid-19 en Sudamérica.


El río Amazonas es un gigante de más de 6.500 kilómetros de extensión que atraviesa tres países sudamericanos: Perú (donde nace el curso de agua), Colombia y Brasil.

Y es en dos de sus principales localidades ribereñas donde se han presentado algunos de los cuadros más dramáticos de la pandemia del covid-19 en América Latina.

Iquitos, en Perú, y Manaos, en Brasil .

El alcalde de Manaos, Arthur Virgilio Neto, denunció que están viviendo “una película de terror”, con más 4.000 contagios y 620 muertos por el nuevo coronavirus, lo que ha causado el colapso del sistema de salud de la principal ciudad amazónica brasileña.

"No queremos milagros. Lo que necesitamos es un avión lleno de escáneres, ventiladores, medicamentos y equipos de protección", le dijo el alcalde a la BBC.

La crisis ha llevado a las autoridades de la ciudad a construir una enorme fosa común para sus muertos.


En Iquitos, médicos le contaron a BBC Mundo que no cuentan con camas suficientes para atender la emergencia sanitaria: “La gente se va a morir en sus casas, porque no tenemos cómo atenderla”.

Pero la crisis no se circunscribe a estas dos ciudades: el río es el principal medio de comunicación para las poblaciones que habitan la cuenca del Amazonas y, por tanto, el canal por el que ha llegado la enfermedad a otras comunidades en la región.Y que amenaza, sobre todo, a las más de 400 comunidades indígenas que la habitan.

“El río es el eje del Amazonas que conecta a la gente de Perú, Brasil y Colombia. Y aunque en el mapa se ve como algo muy disperso, todo se conecta a través de su cauce y sus afluentes”, le dijo a BBC Mundo el médico colombiano Pablo Martínez, quien ha trabajado en la región durante más de 20 años.


"No hay estrategia conjunta"

Martínez, a través de las redes sociales, fue de los primeros en alertar sobre la difícil situación que la pandemia podía crear para las poblaciones ribereñas del Amazonas, principalmente en Leticia, la principal ciudad colombiana en la zona, en la frontera con Brasil.

“La mayoría de los gobiernos, durante siglos, solo han visto a la Amazonía como un lugar del que se pueden sacar recursos , pero nunca donde invertir en temas como salud o educación”, reclamó Martínez.

“Por eso han elegido enfrentar este problema desde cada país, de forma individual y con distintas estrategias, y no se han dado cuenta de que el río conecta a esta región como un todo y necesita una atención integral”, señaló Martínez.

El ministro de Salud de Colombia, Fernando Ruiz Gómez, le dijo a BBC Mundo que el gobierno colombiano es consciente no solo de la grave situación en Leticia, sino de su condición geográfica como ciudad limítrofe.

"En términos prácticos, Tabatinga -Brasil- y Leticia son una misma ciudad, y por eso la estrategia debe ser unificada. Este viernes 8 de mayoestaremos reunidos los cancilleres y los ministros de salud de Colombia y Brasil", señaló Ruiz Gómez.

"Y también hemos tomados medidas integrales como la movilidad entre los municipios, que fue prohibida, salvo que se trate de transporte de pacientes, alimentos, insumos médicos o elementos vitales. El reto con esas restricciones es lentificar la velocidad de propagación del virus para que tengamos siempre disponibilidad en los hospitales", agregó.

Tal vez una de las mayores evidencias de cómo el río Amazonas se convirtió en un vehículo para la expansión del covid-19 se halla en Leticia, la mayor ciudad colombiana sobre este río más caudaloso del mundo.

Aunque no es tan grande como Manaos o Iquitos, Leticia tiene cerca de 45.000 habitantes y, sobre todo, una ubicación estratégica en el punto conocido como la triple frontera.

“Por el río Amazonas circulan personas desde Manaos, ciudad con más de 5.500 casos reportados, y de otras poblaciones que tienen entre 27 y 630 casos", le dijo a BBC Mundo Carlos Trillos, médico epidemiólogo y docente principal de laUniversidad del Rosario.

"También está cerca Iquitos, Perú, con más de 1.000 casos para la misma fecha. Lo anterior no solo refleja la influencia del río, sino la importancia de incrementar su control”, señaló el académico.

Una calle más allá

Los movimientos, y con ellos la dispersión del virus, están marcados por la falta de controles fronterizos e incluso de divisiones reales sobre el terreno.

"Es importante considerar que Leticia está separada de Tabatinga, en Brasil, por una calle. Esta población brasileña tenía más de 260 casos confirmados, con un control de circulación por el río regulado por las autoridades de Brasil, con problemas según informa la población”, explicó Trillos.


De hecho, el investigador señala que 10 de los casos confirmados de covid-19 en Leticia procedían de Brasil y uno, de Perú.

Actualmente, el departamento del Amazonas es la provincia con mayor tasa de contagio por habitante en tod Colombia . Hasta este miércoles, Leticia registraba 291 casos y había reportado 14 personas fallecidas por causa del virus.

Y eso ha puesto en evidencia la vulnerabilidad del sistema sanitario , no solo de Leticia sino también de Iquitos y Manaos.

El río Amazonas es el más caudaloso del planeta. Atraviesa Perú, Colombia y Venezuela y la mayor parte de la vida y la economía dependen del tránsito por agua.

Hace dos semanas, a medida que la gravedad de la pandemia se acrecentaba, 30 miembros del personal médico que trabajan en el hospital de Leticia decidieron firmar un documento en el que anunciaban una "renuncia masiva a la prestación de servicios de salud" que no fueran "urgencias vitales no covid-19", dado que no contaban con equipos de protección personal básicos.

“Es un problema que se extiende por la Amazonía : los hospitales no tienen los recursos para atender una emergencia de este nivel. Y eso se sabía incluso antes de que se confirmaran los primeros casos”, señaló Martínez.



Cerrar el río

Desde el principio, una de las preocupaciones de las autoridades ha sido que la pandemia del covid-19 alcance a las comunidades indígenas, que no estarían protegidos ante una enfermedad tan contagiosa.

Una de las medidas adoptadas por el gobierno brasileño fue intentar reducir la circulación fluvial .

Pero los expertos consultados por BBC Mundo no solo califican la propuesta como contraproducente, sino como imposible de hacer cumplir.

“El río y sus afluentes representan el 85% de la vía de transporte en esta zona del país (Brasil) y en general para la Amazonía. Si lo cierran, como lo ordenó el gobierno brasileño, van a causar serios efectos”, le dijo a BBC Mundo Alessandra Martins Pontes , especialista en temas de transporte fluvial de la Universidad Federal de la Amazonía.

El poderoso cauce de agua sudamericano no solo se extiende por más de 6.500 kilómetros, sino que además tiene cerca de 1.000 afluentes que lo alimentan hasta que desemboca en el Atlántico.


“Sin transporte, hay escasez de alimentos, medicinas y suministros. Todo lo que se pueda imaginar. En el Amazonas todo viaja por ríos”, añadió.

La medida también podría lograr el efecto contrario al que se propone y aumentar los riesgos para los enfermos de covid-19, al dejarlos aislados.

"Está comprometido hasta el transporte de pacientes. El sistema aéreo es limitado ", apuntó Martins Pontes.

Y aunque los analistas coinciden en que el río es la vía por la que pueden llegar a contagiarse no solo las poblaciones ribereñas, sino las comunidades indígenas más remotas, también señalan que es imposible de "clausurar" .

Pero que no se pueda cerrar no significa que no se pueda vigilar.

Voceros de la Organización de los Pueblos Indígenas del Oriente del Perú (Orpio) señalaron que se deben tomar acciones para evitar que la pandemia se expanda siguiendo el río.

“Actualmente no hay control militar o policial en [este tramo del] Amazonas, por lo que los barcos privados continúan navegando con absoluta normalidad e incluso ingresan a territorios de las comunidades indígenas con personas extranjeras”, le dijo a la agencia EFE Francisco Cayetano, vocero de la entidad.

Por esa razón, la recomendación es buscar alternativas logísticas para el control de la pandemia en la región.

“El control en puertos y fronteras debe ser absoluto, con pasos restringidos solo a casos previstos por la ley por razones sanitarias y humanitarias. Igualmente, el control de ingreso y contacto con las comunidades indígenas debe ser máximo, todo coordinado con los gobernadores y representantes indígenas”, recomendó Trillos.

Comunidades indígenas

Desde la declaración de la pandemia, los pueblos indígenas en la Amazonía han estado en alerta ante los riesgos que la enfermedad puede traer a sus comunidades.

"Sin lugar a dudas, nosotros, los pueblos indígenas somos uno de los segmentos más vulnerables ante la actual pandemia de coronavirus", declaró en un comunicado la Confederación de Pueblos Indígenas de Brasil (APIB).

"A lo largo de la historia hemos sido víctimas de sucesivos invasores (…) por las enfermedades que portaban, como la gripe, la viruela y el sarampión", continúa el documento.

Aunque no existe una cifra definitiva, se estima en que en la Amazonía habitan cerca de un millón de indígenas distribuidos en unas 400 comunidades.

“Debido a la fácil transmisión del virus, las deficientes condiciones sociales, nutricionales y de salud de la población indígena, deben ser considerados una población vulnerable, con alto riesgo de complicaciones y mortalidad por covid-19”, señaló el docente Trillos.

Y están en riesgo de no solo perder vidas humanas, sino también su acervo cultural .

“Los indígenas en la región no cuentan con una asistencia sanitaria adecuada, pero no porque ellos no lo quieran, como muchos señalan, sino porque al Estado no le ha importado hacerlo”, reclamó el médico Pablo Martínez.

“Y como hemos visto, la enfermedad ataca a los adultos mayores. Y en las culturas indígenas, los más adultos son los que transmiten el conocimiento a los más jóvenes. La pérdida de este conocimiento sería irreparable”, agregó.

En este sentido, el ministro colombiano destacó que se está trabajando con las comunidades indígenas.


"Las asociaciones indígenas de Colombia desde hace varias décadas cuentan con autonomía para fomentar proyectos de salud, especialmente en el nivel básico. Específicamente en lo relacionado con covid-19, en marzo expedimos con lineamientos para las comunidades étnicas", dijo.

"En esos lineamientos se les recomienda permanecer en sus territorios, implementar acciones para evitar la salida, limitar el ingreso de personas ajenas a las comunidades, y adaptar los lineamientos generales a sus costumbres y sus usos.

La pandemia ha llegado al Amazonas. Y el río, que lo conecta todo, puede convertirse en el principal camino para que el virus se propague por las comunidades indígenas.

Fuente: BBC News Mundo, por Alejandro Millán Valencia

jueves

¿QUIÉN REGULA O QUIEN PODRÍA REGULAR LOS PRECIOS DE MEDICAMENTOS EN ESTOS MOMENTOS?

El alza de los precios de los medicamentos y de otros productos que se están necesitando con urgencia en estos momentos de pandemia (como el oxígeno), está siendo uno de las cosas que golpea fuertemente el bolsillo de nuestro pueblo. Con la premisa de que "no queda de otra", el pueblo accede a eso precios exorbitantes.

“Estamos en un escenario donde los consumidores están en mayor vulnerabilidad frente al abuso de las empresas del sector salud. La emergencia sanitaria ha disminuido la capacidad de elección de los usuarios y los somete a tener que aceptar precios que en otro contexto no aceptarían”, asegura Alicia Abanto, adjunta de la Defensoría del Pueblo en una entrevista a un medio local

Pero, ¿quién está originando que esto de los precios se esté descontrolando?, 
muchos están satanizando en las redes al monopolio de cadenas de boticas del Grupo Intercorp (MiFarma, Inkafarma, Fasa, Arcángel, entre otros) aduciendo que han encontrado una oportunidad de negocio durante la pandemia; a ellos, yo debería añadirle a los que NO pertenecen a este monopolio, si, a esos poco menos del 30% de empresarios en el rubro farmacéutico, que de manera obvia, también se benefician del momento: Sin supervisión del Estado y con clientes que temen acercarse a los centros de salud, las boticas más conocidas del país y los establecimientos pequeños, elevan los precios de sus productos y ofrecen los que más les conviene.

La Asociación de Laboratorios Farmacéuticos del Perú - ALAFARPE, ha indicado que desde que empezó la cuarentena, mostró su respaldo a todas las medidas dispuestas por el  gobierno, esa así que hasta la fecha no ha informado sobre alguna falta de insumo o materia prima a nivel mundial, para la producción de ninguno de los medicamentos que más se están adquiriendo ahora, excepto la Azitromicina, y que muy oportunamente, MiFarma, sacó un comunicado:

Si bien, los monopolios aún son legales en el país, la Constitución sí prohíbe las prácticas que generen el abuso de posiciones dominantes o monopólicas. Es decir, el Instituto Nacional de Defensa de la Competencia y de la Protección de la Propiedad Intelectual (Indecopi) tiene la potestad de sancionar a las empresas que cometen prácticas abusivas, pero no siempre lo ha hecho. 

Por eso, pese al estado de emergencia, las cadenas de boticas continúan con este tipo de prácticas que les permiten vender sus productos a precios con sobrecostos y direccionar las compras a marcas específicas de laboratorios con los que tienen acuerdos como Pfizer y GSK o a genéricos y marcas de su línea de productos propia fabricados por ellos mismos.

Ahora voy con mis amigos empresarios, que tampoco son santos en estos momentos, me disculpan, pero al no haber incremento por los insumos de producción, tampoco subieron tanto los precios al por mayor de las medicinas. Y no se me escuden en que "ve a leer sobre oferta/demanda y luego hablamos, por que no es cierto, lo que pasa es que ustedes también están comprando, no al proveedor directo, sino a terceros y pagan capricho. Es cierto, los costos de flete han subido (de S/ 2.40 a 7.50 el Kg, por poner un ejemplo) un poco más de 300%, pero por favor!!! es ridículo y hasta criminal pensar de que por eso una caja de Paracetamol de 100 tab. (pesa 80g aprox.) que te cuesta 20 soles, lo vendas a 40 soles!!!!. Que te compres 100 cajas, tienes un kilo de mercadería, eso te costo 2000 soles mas tu flete 7.5 soles por ese Kg. Poniéndole a 25 soles cada caja tienes más que suficiente. Y digo mas que suficiente, por que así se hacía antes de la cuarentena y nada a cambiado, solo el hecho que ahora te venden a 20 soles (antes lo comprabas a 9 soles).

PERO ¿QUE HACEMOS AHORA? 

La Dirección de Medicamentos Insumos y Drogas (Digemid) del Ministerio de Salud tiene un Observatorio de precios de fármacos . Esta herramienta debería brindarle a los usuarios información actualizada sobre dónde se encuentran las medicinas con los precios más convenientes para sus bolsillos. No obstante, esta base de datos no cumple con su objetivo, debido a que los establecimientos no suben la información completa de sus productos ni la actualizan. Pese a ello, Digemid no las sanciona, tal como lo estipula la ley.

El Indecopi tampoco está supervisando los precios que ofrecen las farmacias y boticas del país. Ni el Indecopi u otra institución puede intervenir en la fijación de precios en el mercado, ni siquiera en esta situación de pandemia porque vivimos en una economía de libre mercado. Sin embargo, este organismo público sí tiene la potestad de sancionar el abuso monopólico.

Indecopi recordó además que las farmacias tienen la obligación de implementar una lista de precios, tener un libro de reclamaciones, contar con un químico farmacéutico y respetar la venta de medicamentos que requieren receta médica. (mire aquí el artículo). 

La Defensoría ha planteado que el Ministerio de Salud, Digemid y Susalud desarrollen e implementen una plataforma para comparar el incremento de precios de las boticas y farmacias, empresas y establecimientos de salud. Y el MINSA rápidamente anunció que fortalecerá las capacidades de la Superintendencia Nacional de Salud (Susalud) a fin de mejorar la vigilancia y control de los establecimientos privados (ver aquí la nota ). Se trata de dos estrategias, la de fortalecer a Susalud y la otra es de comprar una cantidad importante de medicamentos y EPP; habrá que ver si esta segunda no termina siendo ofrecida en algún rincón de wasap como paso en el Gobierno Regional de Loreto (GOREL). Ambas buscan reducir el precio.

Como verán, pareciera que toca esperar y dejar que sean nuestras autoridades sanitarias las que empiezen a poner orden en esto. Pero como yo lo veo es que esta en nuestras manos.

SEÑORES, COMPREMOS EN LUGARES AUTORIZADOS, LUGARES Seguros, TODAS LAS MEDICINAS QUE SE ESTÁN USANDO POR ESTA EMERGENCIA NECESITAN RECETA, NO DEMOS MÁS CAVIDA A GENTE INESCRUPULOSA EN LAS REDES A LUCRAR CON NOSOTROS Y NUESTRO SUFRIMIENTO. ¿ES UN ESTADO DE LIBRE MERCADO? AL CARAJO!!!, EL MERCADO LO MOVEMOS NOSOTROS. Y NO HACIÉNDOLES SUS GUSTO, NO LES QUEDARÁ OTRA QUE QUEDARSE CON ESO O VENDERNOSLO. 

Hoy, el Covid 19 nos impone velar más que nunca por la salud de nuestra gente.  El costo es de vida o muerte.

miércoles

INVESTIGACIÓN PERUANA SOBRE LA SECUENCIA DEL GENOMA CASI COMPLETA DE UNA CEPA DE SARS-CoV-2, ES PUBLICADA EN LA SOCIEDAD AMERICANA DE MICROBIOLÓGIA.

Secuencia del genoma casi completa de una cepa de coronavirus (SARS-CoV-2) que causa un caso de COVID-19 en Perú

Carlos Padilla-Rojas , Priscila Lope-Pari , Karolyn Vega-Chozo , Johanna Balbuena-Torres , Omar Cáceres-Rey , Henri Bailon-Calderón , Maribel Huaringa-Nuñez , Nancy Rojas-Serrano

La investigación fue publicada éste 07 de Mayo del 2020 en la Sociedad Americana de Microbiológia. 

RESUMEN

Se obtuvo una secuencia genómica casi completa para una nueva cepa de coronavirus (SARS-CoV-2) obtenida de un hisopo orofaríngeo de un paciente peruano con síndrome de coronavirus (COVID-19) que tuvo contacto con un individuo que había regresado a Perú de viaje a Italia.

ANUNCIO

El síndrome respiratorio agudo severo (SARS) causado por un nuevo coronavirus (CoV), SARS-CoV-2 (género Betacoronavirus , familia Coronaviridae ), inicialmente produjo un brote de enfermedad en la provincia china de Wuhan en diciembre de 2019; Desde entonces, la enfermedad (COVID-19) se ha extendido a diferentes países en todos los continentes, incluidos los países sudamericanos. Esta situación ha llevado a la Organización Mundial de la Salud a declarar una emergencia sanitaria mundial.

En Perú, se han reportado más de 28,000 casos, la mayoría de los cuales provienen de Lima, la capital del país ( 1 ). Para controlar la enfermedad causada por este nuevo CoV, es necesario comprender el componente genético del virus para implementar métodos de diagnóstico, nuevos tratamientos y vacunas. Aquí, informamos la secuencia completa del genoma de una cepa SARS-CoV-2 de un paciente peruano; La infección probablemente fue adquirida por otra persona que había viajado a Italia.

Para este estudio, el ARN se purificó a partir de hisopos nasales y faríngeos de un paciente con enfermedad COVID-19 y se amplificó utilizando cebadores aleatorios etiquetados, de acuerdo con un protocolo previamente informado (amplificación de cebador único independiente de secuencia [SISPA]) ( 2 ) . Brevemente, el ADNc de la primera cadena se sintetizó usando el cebador K-8N y la transcriptasa inversa SuperScript III (Thermo Fisher Scientific), y luego el ADNc de la primera cadena se convirtió en ADNc de doble cadena usando la polimerasa Klenow (Promega). Finalmente, la amplificación por PCR independiente de la secuencia se realizó usando el cebador K y Platinum TaqADN polimerasa, alta fidelidad (Thermo Fisher Scientific). El ADN obtenido se sometió a secuenciación de próxima generación (NGS) utilizando el kit Nextera XT y un secuenciador Illumina MiSeq. NGS fue realizado por el Laboratorio Nacional de Referencia de Biotecnología y Biología Molecular del Instituto Nacional de Salud, Perú.

Los archivos fastq (2,359,909 lecturas) se limpiaron usando los algoritmos Groomer v 1.1.5 y Trimmomatic v 0.38.0 en la plataforma Galaxy ( 3 ). Las lecturas (2.249.787 lecturas de extremo emparejado) se mapearon contra el genoma de referencia SARS-CoV-2 (número de acceso GenBank NC_045512 ) usando el algoritmo BWA-MEM v 0.7.17.1 en la plataforma Galaxy. Las lecturas se ensamblaron usando SPAdes v 3.12.0 en la plataforma Galaxy y se compararon con el genoma de referencia usando CONTIGuator v 2.7.4 ( 4 ). Se detectaron variaciones de nucleótidos y aminoácidos usando el programa SnpEff v 4.3T ( http://snpeff.sourceforge.net/) Las secuencias del genoma informadas para las cepas de SARS-CoV-2 que pertenecen al clado G, S o V se obtuvieron de la base de datos Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) ( https://www.gisaid.org ) y se alinearon usando CLUSTAL W v 2.1 ( 5 ). El análisis filogenético se realizó utilizando MEGA X v 10.0.5 ( 6 ), utilizando el algoritmo de unión de vecinos con 1,000 réplicas de arranque. Todas las herramientas se usaron con parámetros predeterminados.

El genoma casi completo del SARS-CoV-2 peruano tiene 29,856 pb, con una cobertura promedio de 84.9 ×; No se detectaron indeles. El genoma secuenciado presenta el contenido de la siguiente manera: 8,915 adenosinas (28%), 5,490 citosinas (19%), 5,859 guaninas (19%) y 9,592 timinas (34%). El análisis filogenético de este genoma del virus mostró que estaba agrupado en el clado G del SARS-CoV-2, lo que es consistente con el de los otros casos reportados en América del Sur. 


El análisis de variaciones indica pocos cambios en relación con la secuencia de referencia para la cepa de Wuhan (número de acceso de GenBank NC_045512 ) a partir de diciembre de 2019. Detectamos una mutación de C a T en la posición no codificante 25 y otras mutaciones en regiones codificantes que generaron cambios de aminoácidos tales como S1433P, P4720L y D6909G en la poliproteína codificada por el gen orf1ab , D614G en la glucoproteína espiga (S) y R203K y G204R en la proteína de la nucleocápside (N).

Actualmente estamos secuenciando y analizando genomas más completos de diferentes regiones del Perú para comprender la dispersión del virus y asociar esta información con datos epidemiológicos. En este sentido, la contribución de los genomas del SARS-CoV-2 de diferentes países podría facilitar la comprensión de la propagación de este virus en América del Sur y en todo el mundo.

Disponibilidad de datos. Este genoma SARS-CoV-2 de Perú se depositó en la base de datos internacional GISAID (número de acceso EPI_ISL_415787) y en GenBank (número de acceso MT263074 ). Los números de acceso para las lecturas sin procesar de la secuencia Illumina MiSeq en el Archivo de lectura de secuencia de NCBI (SRA) son PRJNA623683 (BioProject), SRS6448834 (SRA) y SAMN14556477 (BioSample).

EXPRESIONES DE GRATITUD

Agradecemos al personal de laboratorio a cargo del diagnóstico en el Instituto Nacional de Salud del Perú, así como a los colegas que colaboraron con los suministros y reactivos para la secuenciación.

Descarga el artículo completo aquí. 

ISRAEL: CIENTÍFICOS PROPONEN UN MODELO CICLICO 10-4 PARÁ REABRIR LA ECONOMÍA. ¿EN QUÉ CONSISTE?


Es un dilema al que ahora se enfrentan muchos gobiernos: ¿cómo reabrir la economía sin arriesgarse a un repunte de contagios de coronavirus?

Muchos países están poco a poco levantando las duras medidas restrictivas que tuvieron que imponer para combatir el covid-19. En algunos casos, como España e Italia, dos de los países más afectados por la actual pandemia, se impuso el cierre total de la economía.

Pero en otros que están reabriendo sus economías se ha registrado un repunte en el número de casos de coronavirus. Ocurre por ejemplo en Corea del Sur, que ha tenido que volver a cerrar bares y locales de ocio nocturno, y en Alemania.

Pero mantener la economía cerrada para evitar los contagios también puede tener un efecto devastador para los países y las personas.

Para solucionar este dilema, un grupo de científicos del Instituto Weizmann de Israel propone un modelo cíclico 10-4 (10 días de cuarentena y 4 de trabajo). ¿En qué consiste exactamente?

Aprovechar el punto débil del virus

Los investigadores del Instituto Weizmann desarrollaron un modelo matemático que propone que las personas trabajen en ciclos de dos semanas, con 10 días en cuarentena y 4 yendo al trabajo o a la escuela .

"Es un modelo que alterna entre cuarentena y trabajo/escuela, un camino intermedio que ofrece un equilibrio entre salud y economía", le dice a BBC Mundo Uri Alon , profesor de Biología Computacional y de Sistemas y uno de los investigadores que desarrolló este modelo.

La idea es que en una misma casa, padres e hijos salgan los mismos días a trabajar y a la escuela.

"Es predecible y equitativo, por lo que puede llevarse a cabo durante meses hasta que tengamos una vacuna, tratamiento u otra solución, y mientras la economía puede tener una producción casi continua en turnos", agrega Alon.

El modelo básicamente se aprovecha de una debilidad del coronavirus: su período de latencia , es decir, el retraso promedio de tres días entre el momento en que una persona se infecta y el momento en que puede contagiar a otros.

"Sabemos que cuando una persona se infecta, tiene un período de latencia de tres días antes de tener síntomas y poder contagiar a otro", explican los investigadores en su estudio.

Así, este modelo cíclico funciona de la siguiente manera: si una persona se contagia en sus días de trabajo, estará dentro de su período de latencia, y solo alcanzará el pico de la infección en casa, durante los días de cuarentena, cuando no entra en contacto con tanta gente.

Por supuesto, si una persona presenta síntomas, tendrá que permanecer en cuarentena.

El número mágico

En ese punto entra algo que se considera clave en los contagios de coronavirus: el número de reproducción básico o R0 .

El R0 es el número de personas a las que un individuo puede pasar un virus, en promedio, suponiendo que nadie es inmune y que la gente no cambia su comportamiento para evitar enfermarse. Es decir, mide la capacidad del virus para propagarse.


Si el número de reproducción es mayor a 1, entonces la cantidad de casos aumenta exponencialmente.

La meta de los gobiernos en todo el mundo ha sido llevar el número de reproducción a menos de 1 .

Y según los modelos matemáticos desarrollados por los investigadores israelíes, la regla 10-4, que restringe la habilidad del virus de infectar a mucha gente , mantiene ese número por debajo de 1.

El profesor Alon explica que es un modelo que debe formar parte de una estrategia más amplia para salir de la cuarentena, y "debe combinarse con otras medidas , como el uso de mascarillas, distancia física, realización de pruebas y protección de grupos de riesgo".

Ventajas y desventajas

Además de permitir el regreso al trabajo a millones de personas -y obtener ingresos- y reabrir la economía, según los investigadores del Instituto Weizman la regla del 10-4 tiene la ventaja de que reduce el número de personas en los lugares de trabajo, en las escuelas, y también en el transporte público.

Esa es la lógica precisamente del gobierno de Austria para reabrir sus escuelas primarias a partir del lunes 18 de mayo. Los estudiantes austríacos se dividirán en dos grupos y cada uno de ellos asistirá a clase 5 días cada dos semanas, para tener menos alumnos por clase.

El país centroeuropeo ha sido uno de los más exitosos a la hora de contener la pandemia.

El modelo 10-4, además, puede aplicarse a cualquier escala : una escuela, una fábrica, una ciudad, o un estado.

"Es aplicable a cualquier lugar donde la cuarentena se pueda ejecutar de manera efectiva, y no requiere de una gran capacidad para hacer tests, que, lamentablemente, es lo que ocurre en la mayoría de la población", explica Alon.

Sin embargo, reconoce el investigador, hay sectores para los que, aunque se siga este modelo, la reapertura es mucho más difícil.

"Sectores como clubes nocturnos y grandes eventos probablemente no podrán regresar al principio, y los restaurantes y hoteles necesitarán hacer grandes ajustes".

Mientras, los gobiernos de todo el mundo estudian fórmulas para mantener el equilibrio entre retomar la actividad económica y controlar el número de contagios.


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